BookStation

 Αντί Προλόγου   ..........................................................    xv
Πρόλογος  ..................................................................... xvii
Πρόλογος Επιμελητών   ...............................................   xix
Bΐογραφικά Στοιχεία Επιμελητών   .............................   xxi
Συγγραφείς ............................................................... xxiii
1 Η βιοπληροφορικη και το διαδικτυο 1
Andreas D. Baxevanis
Τα στοιχειώδη του Διαδικτύου  ..............................      2
Συνδεόμενοι στο Διαδίκτυο   ..................................      4
Ηλεκτρονικό ταχυδρομείο  ......................................     8
Πρωτόκολλο μεταφοράς αρχείων........................      12
Ο Παγκόσμιος Ιστός  .............................................    13
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
Παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 1   ......................    18
Ανάφορες   ............................................................    19
2 Τοπροτυπο δεδομενων του NCBI 21
Μ. Ostell, Sarah J. Wheelan, Jonathan A. Kans
Εισαγωγή   ............................................................    21
Η ζωτική σημασία της δημοσίευσης   .................    27
SEQ-ID': To ζήτημα του ονόματος   .....................    31
Ο: Ακολουθίες   ....................................................    35
BIOSEQ-SET: Συλλογε'ς από ακολουθίες   .........   38
SEQ-ANNΟΤ: Προσθέτοντας σχόλια   ................    39
SEQ-DESCR: Περιγράφοντας την ακολουθία   ..    45
Χρησιμοποιώντας το πρότυπο δεδομένων   ........    46
BLAST..................................................................    47
Συμπεράσματα  ..................................................    48
Αναφορές ...........................................................    49
3 Η βαση δεδομενων ακολουθιων genbank 51
Ilene Karsch-Mizrachi, Β. F. Francis Ouellette
Εισαγωγή.............................................................   51
Πρωτογενείς και Δευτερογενείς Βάσεις Δεδομενων   .    53
Μορφή εναντίον περιεχομένου: Υπολογιστές
εναντίον ανθρώπων   ......    54
Η Βάση   .............................................................    56
Ανατομία του αρχείου GenBank..........................    56
Συμπεράσματα   ................................................    66
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 3   ..................    67
Αναφορές   ........................................................   67
Παραρτήματα  ..................................................    68
4 Kαταθεση ακολουθιων DNA
Στις βασεις δεδομενων 73
Jonathan A. Kans, B.F. Francis Ouellette
Εισαγωγή   .....................................................    73
Γιατί, που και τί να κατατεθεί;   .....................    75
Πληθυσμιακές, Φυλογενετικές Μελέτες και
Μελέτες Μεταλλαγών .....    78
Αποκλειστικά πρωτεϊνικές καταθέσεις   .......    78
Διαδικασία Κατάθεσης μέσω του Παγκόσμιου Ιστοΰ  ...    78
Διαδικασία Κατάθεσης μέσω του Sequin  ..    79
Ενημέρωση Εγγραφών   .............................    87
Συνέπειες του Προτύπου Δεδομένων   .......    87
Τα EST/STS/GSS/HTG/SNP και τα Κέντρα Προσδιορισμού
Γονιδιωμάτων  ............................................    90
Συμπεράσματα   .........................................    90
Πληροφορίες επικοινωνίας για την κατάθεση δεδομένων ακουλουθιών
στην DDBJ/EMBL/GenBank   .......................    91
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 4  ...............    92
Αναφορές   ....................................................    92
5 Bασεις δεδομενων δομων βιομοριων 93
Christopher W. V. Hogue
Εισαγωγή στις δομές   ..................................    93
PDB: Η πρωτεϊνική βάση δεδομένων στο Research Collaboratory
for Structural Bioinformatics (RCSB)   .........    98
MMDB: Βάση δεδομένων μοριακής
μοντελοποίησης στο NCBI  ............  103
Μορφές αρχείων δομών ................................  106
Οπτικοποιώντας δομικές πληροφορίες ........   108
Λογισμικό οπτικοποίησης δομών   ................   114
Προχωρημένη δομική μοντελοποίηση.............  117
Αναζήτηση δομικής ομοιότητας   ....................  117
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 5   ................  121
Προβλήματα   .................................................  121
Αναφορές........................................................  122
6 Γονιδιωματικη χαρτογραφηση και βασεις
δεδομενων χαρτογραφησης 125
Peter S. White, Tara C. Matise
Αλληλεπίδραση χαρτογράφησης και
προσδιορισμού ακολουθίας   .........  126
Στοιχεία γονιδιωματικοόν δεικτών   ................ 128
Τύποι χαρτών................................................  130
Πολυπλοκότητες και παγίδες της χαρτογράφησης  ...... 136
Πηγές δεδομένων   ......................................  139
Προγράμματα χαρτογράφησης και σχετιζόμενες πηγές ...  146
Πρακτικές εφαρμογές των πηγών χαρτογράφησης   ........ 164
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 6  ..............  170
Προβλήματα   .............................................  172
Αναφορές   ..................................................  173
7 Ανακτηση πληροφοριων απο βασεις βιολογικων
Δεδομενων 179
Andreas D. Baxevanis
Ενιαία ανάκτηση πληροφοριών: Το σύστημα Entrez  ..  180
LocusLink   ..................................................  198
Βάσεις δεδομένων πέρα από το NCBI ......  204
Ιατρικές βάσεις δεδομένων ........................  207
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 7  ............  210
Προβλήματα   .............................................  211
Αναφορές   .................................................  212
8Στοιχιση ακολουθιων και αναζητηση 215
Gregory D. Schuler
Εισαγωγή ..............................................  215
Η εξελικτική βάση της στοίχισης ακολουθιών   .  216
Η μετρική φύση των πρωτεϊνών    ............  219
Μέθοδοι βέλτιστης στοίχισης    ................... 222
Βαθμολογία αντικαταστάσεων και ποινές για εισαγωγή κενών  ...223
Στατιστική σημαντικότητα των στοιχίσεων   ...........  227
Αναζήτηση ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων    ...  228
FASTA   ....................................................... 230
BLAST .......................................................... 232
Παραπληνητικά αποτελέσματα κατά την αναζήτηση σε βάσεις
δεδομένων   .................................................. 237
Πίνακες αντικατάστασης ειδικοί ανά θέση  .. 239
Στοιχίσεις "ματίσματος" (Στοιχίσεις με "αποβολή")  ..241
Συμπεράσματα   ............................................. 244
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 8   ........... 245
Προβλήματα   ............................................. 245
Αναφορές   ................................................. 245
9Δημιουργια και αναλυση πολλαπλων
στοιχισεων πρωτεϊνικων ακολουθιων 249
Geoffrey J. Barton
Εισαγωγή   ...................................................... 249
Τι είναι η πολλαπλή στοίχιση και γιατί τη χρειαζόμαστε;   ... 250
Δομική ή εξελικτική στοίχιση;   ........................ 250
Πώς κάνουμε πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών    252
Εργαλεία που βοηθούν στην ανάλυση πολλαπλών στοιχίσεων.....    257
Συλλογές πολλαπλών στοιχίσεων................... 264
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 9  .................. 264
Προβλήματα   ................................................... 264
Αναφορές   ....................................................... 266
10 ΜΕΘΟΔΟΙ ΠΡΟΓΝΩΣΗΣ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΩΝΤΑΣ
ΑΚΟΛΟΥΘΙΕΣ DNA 269
Andreas D. Baxevanis
GRAIL   ..............................................................272
FGENEH/FGENES  .......................................... 273
MZEF   ............................................................... 275
GENSCAN   ....................................................... 277
PROCRUSTES  ................................................ 282
Πόσο καλά δουλεύουν οι μέθοδοι;   .................. 284
Στρατηγικές και θεωρήσεις  ............................... 286
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 10  ................... 288
Προβλήματα   ..................................................... 290
Αναφορές   ......................................................... 290
11 ΜΕΘΟΔΟΙ ΠΡΟΓΝΩΣΗΣ ΧΡΗΣΙΜΟΠΟΙΩΝΤΑΣ
ΠΡΩΤΕΪΝΙΚΕΣ ΑΚΟΛΟΥΘΙΕΣ 293
Sharmila Banerjee-Basu, Andreas D. Baxevanis
Η πρωτεϊνική ταυτότητα βασισμένη στη σύσταση   .  294
Φυσικές ιδιότητες βασισμένες στην ακολουθία   ...  298
Μοτίβα και πρότυπα.........................................  300
Δευτεροταγείς δομές και κατηγορίες διπλώματος   .  305
Εξειδικευμένες δομές ή χαρακτηριστικά γνωρίσματα    ...  312
Τριτοταγής δομή   ............................................  318
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 11   ...............  322
Προβλήματα   ..................................................  323
Αναφορές   ......................................................  324
1 2   EXPRESSED SEQUENCE TAGS (ESTs)       327
Tyra G. Wolfsberg, David Landsman
Τι είναι ένα EST;   ..........................................  328
Ομαδοποίηση των ESTs   ..............................  333
Γονιδιακά ευρετήρια TIGR (TIGR GENE INDICES) . 338
STACK  ............................................................  339
Τα ESTs και η ανακάλυψη γονιδίων   ............  339
Ο ανθρώπινος γονιδιακός χάρτης   .................. 341
Πρόβλεψη γονιδίων σε γονιδιωματικό DNA .....  342
Τα ESTs και οι πολυμορφισμοί ακολουθιών   .. 343
Υπολογίζοντας τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης
με τη χρήση ESTs   ......  343
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 12  ..................  345
Προβλήματα   .....................................................  346
Αναφορές   ........................................................  347
13 συναρμολόγηση ακολουθιών και μΕθοδοιτελειοποιησης 351
Rodger Staden, David P. Judge, James K. Bonfield
Η χρήση των εκτιμητών της ακρίβειας ή τιμών εμπιστοσύνης για
τον καθορισμό των βάσεων  ..............................  353
Οι απαιτήσεις για λογισμικό συναρμολόγησης     354
Ολική συναρμολόγηση (Global Assembly)   .....  355
Μορφές αρχείων   .............................................  357
Προετοιμάζοντας τις αναγνώσεις για συναρμολόγηση   ..  357
Εισαγωγή στο GAP4  ........................................  360
Ο επιλογέας των contigs (Contig Selector)  ...... 362
Ρουτίνα σύγκρισης των Contigs (Contig Comparator)   ..  362
Απεικόνιση του υποστρώματος DNA (The Template Display)     364
Η Ρουτίνα Consistency Display   ......................... 368
Ο επεξεργαστής των Contigs (Contig Editor)   ... 368
Ο επεξεργαστής συνένωσης των Contigs   ........ 371
Αποσυναρμολόγηση των αναγνώσεων   ............ 372
Προτάσεις για πειράματα και αυτοματισμοί   ....... 372
Συμπεράσματα   .................................................. 374
Πηγες πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 13........................375
Προβλήματα   ....................................................... 375
Αναφορες   .......................................................... 375
14   ΦΥΛΟΓΕΝΕΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ                         377
Fiona S. L. Brinkman, DetlefD. Leipe
Βασικά στοιχεία των φυλογενετικών μοντελων  379
Ερμηνεία των δένδρων - Η σημασία της αναγνώρισης παράλογων
και ορθάλογων  ................................................. 381
Φυλογενετική ανάλυση δεδομένων:
Τα τέσσερα βήματα   ........................ 382
Στοίχιση: Κατασκευάζοντας το μοντέλο
των δεδομένων   ........................ 382
Στοίχιση: Εξαγωγή ενός συνόλου
φυλογενετικών δεδομένων  ................ 388
Καθορίζοντας το μοντέλο αντικατάστασης   ..... 390
Μέθοδοι κατασκευής των δένδρων   ................397
Απόσταση, φειδωλότητα και μέγιστη πιθανοφάνεια.
Ποια η διαφορά;   ..... 402
Αξιολόγηση των δένδρων   ............................. 404
Λογισμικό φυλογενετικής  .............................. 407
Λογισμικό φυλογενετικής ανάλυσης προσιτό
από το Διαδίκτυο  ............ 414
Μερικές απαραίτητες πρακτικές συμβουλές   .... 416
Πηγές πληροφόρησης στο Διαδίκτυο για θέματα που
παρουσιάστηκαν στο Κεφάλαιο 14  ............. 417
Αναφορές   .................................................... 417